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所謂生物有 機肥，主要利用的養分物質是有 機養分和有 機質，肥料又同時兼有微生物肥料和有 機肥肥料的雙重作用，但在肥料的本質上還是屬于有 機肥，它只不過是在有 機物料進行無害化處理、發酵腐熟過程中以及物料腐熟后添加了一定量的有益微生物，并通過有益微生物的發酵繁殖，加速有 機物質的分解轉化，并與土壤中原有的有益微生物互相促進、相互作用，形成有 機微生物菌群，一方面可以為土壤補充多種被消耗掉的有 機養分和有 機質，促進土壤中被固定磷、鉀等養分的釋放和轉化，提高土壤的肥力和緩沖性，一方面可以疏松熟化及改良土壤、促使土壤更 好的形成團粒結構，另一方面可以有效的抑 制或滅殺土壤中的有害微生物病菌，改善作物根際的微生物群環境；再一方面生物有 機肥中特定的功能菌，在繁殖代謝的過程中能夠分泌出對作物生長有利的抗 生素和激 素，既能增 強作物的抗逆防病能力，又能刺激作物的生長。
此外，生物有 機肥與普通有 機肥 大的差別是肥料中含有一定量的有益微生物，有 機物料腐熟過程中常用的腐熟菌種主要有放線菌、乳酸菌、光合菌、酵母菌、木霉菌、青霉菌等，有 機物料腐熟后添加的功能菌種主要有乳酸菌、放線菌、光合菌、固氮菌、溶磷菌、假單胞菌、硅酸鹽菌等——微生物菌種的遴選和使用，是生物有 機肥產品的技術核心和 大的賣點，但需要掌握一定的發酵工藝，目前生物菌肥常用的生產工藝主要有平面條垛堆置發酵法、平地堆置發酵法、槽式好氧發酵法、密封倉式發酵法等。
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